国家秸秆产业发展联盟下设：

按照行业划分为秸秆燃料与炉具、秸秆饲料、秸秆有机肥、秸秆基料、秸秆制炭、秸秆制浆、秸秆设备、秸秆建材与集成房屋、秸秆工艺品加工及秸秆环保制品十大专业委员会。

按照功能划分为宣传教育委员会、展览展示委员会、交流合作委员会、技术研发委员会、项目对接委员会和绿色发展委员会六大专业委员会。